权妃为什么突然死去，起初无人猜疑。但一次吕美人和权贵妃两家的奴婢在吵骂中却透露了不寻常的消息。权贵妃入宫时，皇后徐氏已死。朱棣让她接替皇后，掌管六宫的事。吕美人对此十分不满，曾面责权妃说：“有子孙的皇后也死了。你管得几个月，这般无礼！”

　　于是，吕美人串通宦官金得、金良，从一个银匠家里借来砒霜，研成末子，放进胡桃茶中送给权妃吃了，权妃因而毙命。朱棣得知此情，大怒，将内官、银匠一并处死。吕美人罹刑最惨，朱棣命用烙铁烙她一个月，最后将她杀死。吕美人在宫的从人也一起被杀，牵连被株杀者达数百人。朱棣还逼迫朝鲜王廷将吕美人的母亲抓来杀了 。但这实在是一个冤狱，直到永乐晚年才大白于天下。

　　原来，权贵妃、吕美人等被选入宫后，又有商人之女吕氏被选入宫。吕氏因与吕美人同姓，欲相结好。但吕美人不乐意，吕氏因而怀恨在心。后来权贵妃猝死，吕氏便乘机诬告吕美人毒死了权妃，以致造成上述的惨案。

　　后来，吕氏和宫人鱼氏行为不检点，与宦官私通。朱棣虽有察觉，但却因宠爱吕、鱼二人而未做处置。二人知道隐秘泄漏，惧罪自缢。这一下事情就闹大了。朱棣认为坏事都因吕氏所起，便把吕氏的侍婢都拘来审讯。这些侍婢不胜拷掠，便违心认罪，说是要谋杀朱棣。

　　既然问出了大逆之罪，一场刑杀的大祸就不可避免了，连坐被杀的竟达两千八百人。行刑之日，朱棣亲临刑场监督，要眼看着将她们一一剐死。有的宫人临刑时当面大骂朱棣说：“你自家阳衰，所以人家才和宦官私通，这有什么罪？”朱棣为了惩戒后人，让画工把吕氏与小宦官相抱的情况画下来。但是，他对鱼氏的思念却难以割断，命人将鱼氏葬在寿陵的旁边。

　　这案初发时，朝鲜人嫔妃任氏、郑氏便自缢而死。黄氏、李氏被鞫处斩。黄氏死前援引了很多人。李氏说：“反正都是死，干吗要牵连别人！要死我自己死！”终于不诬一人。这时朝鲜诸女大都被诛杀，只有崔氏在南京而幸免。朱棣曾命南京的宫女北上，崔氏因病未成行。惨杀开始时，韩氏被幽闭在空室，好几天不给饮食。守门宦官可怜她，有时在门口放些吃的，因而没有饿死。但她的从婢却全部被杀了。韩氏的乳母金黑也被囚于狱中，事后才得赦免。

　　就在朱棣滥杀的时候(永乐十九年)，四月初八庚子日夜晚，雷雨交加，奉天、华盖、谨身三大殿被雷击中起火。大火冲天，力救不及。经十余年耗尽民财才修建成的壮丽宫殿，就这样化为灰烬，很多人丧身火海。宫人们却庆幸火灾的发生，以为天降的大火可能会使皇帝的虐杀稍稍收敛。在当时的人们看来，天变是对人事的惩戒。人事有错误，天才震怒降灾。

　　第二天，朱棣下了一道诏书，对上天的惩戒表示自责：

　　朕躬膺天命，祗绍鸿图，爰仿古制，肇建两京，乃永乐十九年四月初八日奉天等三殿灾，朕心惶惧，莫知所措。意者於敬天事神之礼有所怠欤？或法祖有戾而政务有乖欤？或小人在位贤人隐遁而善恶不分欤？或刑狱冤滥及无辜而曲直不辨欤？或谗慝交作谄谀并进而忠言不入欤？或横征暴敛剥削掊，而殃及田里欤？

　　或赏罚不当  财妄费而国用无度欤？或租税太重徭役不均而民生不遂欤？或军旅未息征调无方而，饷空乏欤？或工作过度徵需繁数而民力凋弊欤？或奸人附势群吏弄法抑有司，茸罢软贪残恣纵而致是欤？下厉于民，上违于天，朕之冥昧，未究所由，尔文武群臣受朕委任，休戚是同，朕所行果有不当，宜条陈无隐，庶图悛改，以回天意。

　　朱棣认错反省的态度似乎极为诚恳。到了十三日，朱棣再次下诏，宣布将“见有不便于民及诸不急之务者，悉皆停止，用苏困弊，仰答天心”。然而，后宫的杀戮并未被列入他的反省范围之内，朱棣“恣行诛戮，无异平日” ，并没有停止对宫人的诛戮。先后因二吕之案被杀的竟有三千多人。

　　朱棣如此狂杀滥诛，还有一个原因。朱棣晚年庞爱贵妃王氏。据说王氏有贤德，侍奉皇帝皇后恭谨如一，在宫闱之内肃雍有礼，和蔼仁厚，掌理庶务有条不紊，甚为朱棣所重。朱棣晚年有病，常常发脾气，王贵妃常常从中调护，以免宫人们受到谴责。自皇太子、亲王公主以下都很信赖王氏。朱棣甚至有立王氏为皇后之意。王氏的死，使朱棣痛悼不止，更加重了他的丧心风病。自此以后，朱棣处事更多错谬，用刑也更加残酷了 。

　　朱棣在临死前的几个月还要求朝鲜进献美女，这时朱棣已经是六十五岁的老人了。

　　然而，这些可怜的淑女，不论是何处选来，也不论受宠与否，最后在宫中也难免一死。原来，明朝初年仍然保持着为皇帝殉葬的制度，朱棣死时，被殉葬的宫人有三十余人。即使最受宠爱的韩氏和在吕氏惨案中幸免于难的崔氏亦在其列。殉死那天，要赏她们一顿酒宴，随后，把她们领入大堂，这时大堂上已经安置好了许多小木床。

　　只听得哭声震天，宫人们一个个被强迫站在木床上，把头伸进吊好的绳套中。站在一旁的宦官将床一撤，宫人们便升天了。韩氏死时，呼喊着自己的乳母说：“娘，我去了！娘，我去了！”喊声未绝，床已撤去。虽然殉葬者的家属被称为朝天女户，受到优恤，殉葬者也会得到好听的谥号，并被葬入皇陵，但这又怎能补偿她们被断送的青春和被虐杀的生命！

　　朱棣即位不久，曾自我标榜说：“人心诚不可有好乐，一有好乐泥而不返，则欲必胜理。若心能静虚，事来则应，事去则如明镜止水，自然纯是天理。朕每朝退默坐，未尝不思管束此心为切要，又思为人君，但于宫室车马服食玩好无所增加，则天下自然无事。”  朱棣虽然称不上是个荒淫无度的皇帝，但也绝不是真的清心寡欲，朱棣刚一即位，便下令“求民间识字妇女入内职” 。

　　永乐元年，又命礼部访求在京官员军民之家女子年十五至二十容止端正、性情闲淑者备王妃之选 。他曾命女官蔡氏到杭州选识字妇女入宫，闹得民间骚动。当时有人作诗说：“已云玉闰归马足，更妆金屋贮娥眉。”“临别亲邻莫惆怅，从来生女作门楣。” 朱棣平时吃饭要有宫女伴唱 ，晚年因为身体有病，朝参也要有宫女陪伴搀扶 ，这在整个明朝都是很特殊的。