不久，首辅王锡爵年老引退，万历命令吏部根据品望推选六、七位能够胜任首辅之职的官员听候点用，顾宪成等人违背皇帝的意思，几次提名的人，都是万历所厌恶的。在封建社会，官大一级压死人，皇帝对臣子更是有生杀予夺的权力，然而这种情况到了顾宪成这里就完全颠倒过来了，顾宪成为什么会如此大胆呢？

　　思前想后，只能有一个原因：他有自己的组织，因此有恃无恐。有组织做靠山，一切都不在话下。即使有危险，组织会出面保他；即使跌倒，组织会让他东山再起；即使爬不起来，组织仍能保障他的利益。

　　万历对于吏部抗旨不遵的行为十分恼怒，并认为顾宪成在“徇私”，在吏部的奏疏上批了“司官降杂职”五个字，矛头直指顾宪成。关键时候，组织的作用显现了，许多大臣上疏申救，奏疏上百封。

　　然而这一群体性事件，并没有吓到万历，他不仅没有收回成命，反而加大了处罚的力度，他以“忤旨”之罪将顾宪成革职为民，并给予那些上疏申救的官员外放、降调、削职等处分。很显然，万历已经认识到吏部已成为一个“独立核算”的小团体了，因此对其进行了一次大手术。

　　回到家乡以后，顾宪成在人事方面的热忱不减，他不仅没有就此止步，反而开拓出一种新的途径。短暂休整之后，顾宪成就开始以讲学为名，广交朋友，四处活动。

　　他想“请进来”，就在自己住宅南边造了几十间书舍专供来人居住；他想“走出去”，经常奔赴苏州、松江、常熟、太仓、嘉兴、宜兴等地，与吴中士绅聚会。

　　伴随着活动量的增加，顾宪成感到有必要建造一个固定的场所，将分散的讲学活动变成一个有协调组织的统一活动，从而增强社会影响力。

　　万历三十二年（1604年），经过多方努力，官府终于批准在无锡城东门内的东林书院遗址重建东林书院。九月，工程告竣，共用了一千二百多两银子，作为首倡发起人之一的顾宪成捐银最多，他还发动吴地官员和缙绅捐资助修，出了很大力。在软件方面，顾宪成也亲力亲为，他审订了书院讲会的宗旨及具体会约仪式。

　　这年十月，顾宪成会同顾允成、高攀龙、安希范、刘元珍、钱一本、薛敷教、叶茂才（时称东林八君子）等人发起东林大会，《东林会约》规定每年一大会，每月一小会，除了严寒盛暑外，定期会讲。东林书院从成立之初就不是一个单纯的学校，而是一个政治意图明显的在野人士俱乐部，它由一批心有不甘的在野人士发起成立，主要活动是学术搭台、政治唱戏。

　　明代官场各种复杂关系不断在东林书院交汇凝结，东林书院很快就发展成为各种关系的总部基地，编织了一个隐秘而庞大的关系网，每年一次的大会有时多达千人，积聚了很大的政治能量，并逐渐由在野拓展到朝堂，吸引越来越多的官员加入其中，逐渐形成了势力庞大的东林党。

　　东林党虽然站在道德的制高点上，以气节道义相号召，以君子自居，但有一点是可以肯定的，结党必定营私，结党必破坏势力平衡。“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事、事事关心。”这副漂亮的对联，也不能掩盖结党的消极方面。事实上这副对联是有毛病的，在封建社会中，一个人要知所进退，尤其是在工作中要守“本分”，不该听的不要听，不该关心的事不要关心，不能“声声入耳”、“事事关心”。

　　伴随结党而来的，是无休止的权力斗争和使这些斗争看上去高深莫测的令人眼花缭乱的人际关系。东林党成立以后，引起了连锁反应。由于东林党人对政治生态平衡的破坏，威胁到其他非东林党人的利益，许多非东林党的官员为自保也纷纷以地域为单位，以高官为领袖，结成帮派，一时朝中宣党、浙党、楚党、齐党林立，他们联合起来打击东林党人。斗争由原来的阁部之争和门户之争逐渐演变为党派斗争，规模进一步升级，性质更加严重，影响也更加恶劣，明代政争急剧恶化，进入一个前所未有的新时代。

　　一开始双方尚未在朝堂上公开交手，而是利用京察互放冷箭。万历三十三年，主持“京察大计”的是东林党人都御史温纯和吏部侍郎杨时乔，他们借机把浙党官员钱梦皋、钟兆斗等人贬谪了。但南京的“京察大计”主持者则是齐、楚、浙党主持，他们也斥逐东林党的官员。